El nacimiento del municipio de San Juanito se remonta al año 1913, liderado por el padre Juan Bautista Arnaud quién era un misionero Francés de la comunidad Monfortiana. Apoyado por algunos campesinos El Calvario y Junín hicieron las primeras talas para establecer un caserío en donde es actualmente la vereda San Luis del Plan, este caserío se llamó La Soledad y la primera escuela se construyó en el año 1916. En estos espacios se encontraron vestigios indígenas con rasgos Muiscas y Guayupes que datan de la época precolombina.
Con el paso del siglo XX la comunidad de San Juanito fue creciendo y forjando su identidad, entre sus matices más importantes está el espíritu católico que se impulsó luego de la construcción del noviciado iniciada en 1925, esta se hizo por etapas, de ahí en adelante duró varios años hasta su culminación. Este lugar sirvió como centro de estudios de primaria.
En 1926 llegaron a san Juanito las hermanas de la sabiduría, ellas fundaron el colegio para sordos y mudos que después fue trasladado a la ciudad de Bogotá y fue considerado el primer centro de educación para personas con esa condición.
El Camino Monfortiano del cañón del Guatiquía se culminó en el año 1925, de ahí en adelante empezó a ser recorrido por campesinos a pie limpio y por monjes misioneros, este camino conecta a Choachí con Restrepo y Villavicencio, Meta. Al principio nuestros abuelos traían los víveres al hombro y luego con la adquisición de mulas la actividad de la arriería se volvió la actividad económica más importante de la región.
El 28 de mayo de 1939 fue inaugurado y bendecido el primer templo parroquial en donde es actualmente, aunque ya se le hicieron modificaciones.
El 4 de octubre de 1960 aterrizó intrépidamente en la calle del frente de la iglesia la primera avioneta al mando del capitán Fernando Henao Jaramillo. Después el capitán Nicolás reyes (Manotas) incitó al padre Gilberto Linares para construir una pista de aterrizaje amplia y segura. La pista se inauguró el 6 de enero de 1963.
En el año 1966 los profesores Filiberto Gutiérrez y Martín de Jesús Alvarado fundaron el primer colegio de secundaria llamado Colegio John F. Kennedy.
En los años 1967 y 1968 san Juanito vivió la primera administración como municipio, pero volvió a ser degradado a inspección del calvario. Luego el 19 de noviembre de 1981 fue nuevamente elevado a la categoría de municipio. También en esta década se construyó la alcaldía municipal.
Las primeras ferias fueron en los años 60 pero a partir del año 1994 se formalizaron las ferias y Fiestas del municipio de San Juanito para el primer puente de reyes de cada año, hoy se conoce a este evento como el festival del Retorno y reinado de la simpatía.
La primera semana Cultural del Colegio se hizo en el año de 1974, de ahí en adelante se realiza este gran evento que tiene el deporte y la cultura como pilar, es el segundo evento más importante de la región y congrega a participantes de los municipios aledaños.
La pista de aterrizaje funcionó hasta los años 90, luego entró la carretera de Chingaza a San Juanito y se comenzó abandonar, finalmente se construyó el polideportivo en ese espacio y no pudieron aterrizar más avionetas. La carretera a San Juanito estuvo en muy malas condiciones, llegar con un vehículo era una odisea, esta situación se mantuvo hasta hace muy pocos años, aunque por ejemplo en el año 2020 tuvimos la vía bloqueada en un punto de Fómeque por más de 2 años. Hoy en día las vías de acceso están estables, tanto por el Calvario como por Fómeque o La Calera, Cundinamarca.
Al comienzo de la década de los años 90 entró el conflicto armado al territorio. En un principio la guerrilla de Las FARC entró haciendo primero de turistas usando el camino por el que actualmente nos desplazamos hacia Villavicencio. Luego pasó por la vereda de San Roque dejando dinero para que algunas familias montaran tiendas de víveres con el fin de tener donde abastecerse de comida.
El 17 de agosto de 1992 la guerrilla se tomó y destruyó la estación de policía del municipio de El Calvario, luego de eso se llevaron la policía de San Juanito para evitar el mismo destino. Luego de que entraron a la región tomaron el territorio como escondite para todos los secuestrados que caían en las pescas milagrosas en Choachí, La Calera y la ciudad de Bogotá.
Los campesinos se vieron obligados a colaborar con recursos y productos agropecuarios, entró la época del terror donde nadie quería tener nada por miedo a que los secuestraran. Algunos personajes del pueblo sufrieron el flagelo del secuestro por oponerse a colaborar con la guerrilla, en algún momento se normalizó la convivencia con la guerrilla, nosotros fuimos testigos de eso.
Unas 8 personas de San Juanito perdieron la vida a raíz de conflictos con la Guerrilla, el combate más reconocido de San Juanito se llevó a cabo en la vereda de El Tablón, el 1 de febrero de 1997 el frente 53 de las FARC hizo una emboscada a una unidad conformada por 37 soldados del Ejército Nacional, los encerraron en una finca campesina donde también estaba la familia y durante 2 días atacaron esta casa. Luego la contraofensiva del Ejército Nacional, que movilizó un millar de tropas y una decena de aeronaves al área, lograron recuperar el control parcial de un estratégico corredor de movilidad que llevaba al centro del país. En los combates murieron 17 soldados y 8 fueron secuestrados, aunque estos serían liberados poco después.
En el año 2003 regresó definitivamente el ejército nacional, desplazando la guerrilla de la región. El 10 de septiembre del 2003 llegaron 60 agentes de policía y en conjunto del ejército nacional retomaron el control de la zona.
San Juanito hoy en día es un territorio de paz, a pesar que medios desinformativos lanzan noticias falsas sobre el posicionamiento de grupos al margen de la ley en el territorio. Este espacio es una muestra de eso, pues hace décadas no pensábamos en un desarrollo turístico. Actualmente en fuerte medida gracias a nuestro trabajo de divulgación turística y organización comunitaria San Juanito es reconocido como un destino turístico a nivel nacional e internacional.
LLANEROS DE RUANA es el pionero en esta actividad en el Cañón del Guatiquía y en este momento moviliza cientos de turistas al año al territorio.
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